Powerpoint presentatie

Commentaren

Transcriptie

Powerpoint presentatie
Wij bestaan uit ~1013 cellen
1
Complete genomen gesequenced
Biochemical Pathways
Waarom moeten we dit weten?
Fundamenten van
levensprocessen begrijpen
1. Ziekten
2. Biotechnologie:
eiwitproductie
Biochemical Pathways
2
Van DNA tot eiwit
De cel
10-5 m
DNA
transcriptie
RNA
Het eiwit
10-9 m
In vivo
translatie
eiwit
In vitro
3
translatie
N
N
N
Watervrezend
N
N
N
Waterminnend
N
N
N
GAC
UAC
AUU
GUA
AUC
GCG
CUGUCU
AUC
AUC
CUG
GAU
GCG
GAC
AUU
AUCGUA
CUG
AUC
GCG
GAC
UCU
GAU
AUUGCG
AUC
AUU
UCU
GAC
GUA
AUC
GAUAUU
GAU
GAC
GUA
UCU
GCG
AUCGAU
AUC
UCU
GUA
GCG
GACGCG
AUC
GUA
UCU
GACGCG
GAC
GUA
UCUGAC
UCU
GUAUCU
GUA GUA
mRNA
ribosoom
Watervrezend
Waterminnend
Jenny Smit
In vitro hervouwing
In vitro hervouwing
De aminozuurvolgorde van een eiwit
bepaalt de
3-dimensionale conformatie
In vivo vouwing
4
Eiwitvouwingsziekten
Ziekte
Betrokken eiwit
Moleculair probleem
Eiwit kan niet vouwen
Marfan syndroom
Scheurbuik
Osteogenesis imperfecta
Kanker
Fibrillin
Collageen
Type I procollagen
p53
Misvouwing
Misvouwing
Misvouwing
Misvouwing
Mislocalisatie door foute vouwing
Cystische fibrose
Familiale hypercholesterolemie
alpha-1-antitrypsine deficientie
Ziekte van Tay-Sachs
Retinitis pigmentosa
CFTR
LDL receptor
alfa-1-antitrypsine
beta-hexosaminidase
rhodopsine
Misvouwing, foute localisatie
Misvouwing, foute localisatie
Misvouwing, foute localisatie
Misvouwing, foute localisatie
Misvouwing, foute localisatie
Toxische vormen
Scrapie/Creutzfeld-Jakob/BSE
Ziekte van Alzheimer
Familiale amyloidosis
Staar
Amyotrofe laterale sclerose
Prion-eiwit
beta-amyloid
Transthyretine/lysozyme
Crystallines
Superoxide dismutase
Aggregatie
Aggregatie
Aggregatie
Aggregatie
Fibrillen?
Onze modeleiwitten
Virusinfectie
Griepvirus
Grieppandemie: neem voorzorgsmaatregelen!
Verspreid door middel van virus-rijke respiratoire druppels
uitgescheiden gedurende hoesten en niesen
Chotani, GIDSAS-JHU, 2006
5
Influenza virus HA
Achillespees van HA
Ari Helenius, Jenny Smit
TECHNIEK
gel electroforese
Hoe meten we dat?
+
6
TECHNIEK
De “pulse-chase” vouwingsassay
R
K
E
gel electroforese
R
Q
V
V
R
R
K
A
K
T
P
A
V
G
L
P
500
R
+
K
E
R
Q
V
V
R
R
K
A
K
T
P
A
V
V
G
P
P
L
K
T
F
N
N
N
C
L
I
K
G
P
A
G
T
C
F
T
N
G
V
A
S
P
T
A
V
C
Q
Y
C
H
T
I
E
H
P
P
G
I
I
R
500
Vouwingsassay
In vitro chase assay: vanuit vivo naar vitro
IT1
IT2
NT
Claudia Maggioni, Ari Helenius
7
het endoplasmatisch reticulum (ER)
Waar gebeurt dit allemaal?
De ER vouwingsfabriek
Eiwitvouwing in het ER
gevuld met moleculaire chaperones
ER
ER
G
ER
ER
CNX
ER
GG
PDI
SH
SH
GGG
G
G
GGG
ER
PDI
SH
SH
PDI
CRT
PDI
CRT GGG
G
ER
CNX
PDI
CRT
PDI
GG
SH
CNX
ER
G
CNX
CRT
G
GGG
SH
8
Sofonisba Anguissola, 1561
met chaperone
Thomas Eakins, 1877
met chaperone en naakt
Het ER expandeert naar behoefte
BCR
IgM
LPS
B lymfocyt
ER
Plasmacel
B lymfocyten
Plasmacel
9
Day 0
Day 1
Day 2
B-lymphocyte
Histograms of 120 most abundant spots
Plasma cell
Day 3
Day 4
Eelco van Anken
Eelco van Anken
day 0
Cluster I
Cluster II
Cluster III
Cluster IV
Cluster V
day 1
day 2
day 3
day 4
histogram
*
*
*
*
*
Cluster O
Eelco van Anken
Eelco van Anken
10
Cytoskeleton
Cytosolic chaperones
Mitochondrial chaperones
Metabolic Enzymes
Redox balance
ER resident proteins
IgM subunits
~
~
~
~
Proteomics
I
II
IV
V
Eelco van Anken, Claudia Maggioni, Edwin Romijn
CGHC
TRX
CGHC
TRX
TRX
KDEL
De cel
10-5 m
TRX
PDI
CRFS
ERp44
TRX
CXXC
ERp43
TRX
RDEL
TRX
CXXC
TRX
TRX
CXXC
TRX
Het eiwit
10-9 m
In vivo
CRELP
EGF
EGF
CXXC
smERp1
Eelco van Anken
Claudia Maggioni
Edwin Romijn
In vitro
11